La ecología microbiana trata sobre la relación de los microorganismos con el ambiente donde habitan. El suelo superficial (0-20cm) es el ambiente donde ocurren la mayoría de los procesos microbianos que influyen sobre la nutrición de los cultivos, de los cuales se ocupa la Microbiología Agrícola. Desde un punto de vista ecológico, un ambiente esta constituido por: 1) una fracción abiótica (el hábitat), y 2) una fracción biótica (los componentes vivos). La fracción abiótica del suelo incluye: a) partículas minerales de diferente tamaño y composición química, b) agua y solutos, c) gases y d) compuestos orgánicos; mientras que la fracción biótica incluye: a) raíces vivas de plantas, b) fauna (detritívoros) y c) microorganismos (descomponedores).
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