La microbiología de alimentos es una rama de la microbiología que se encarga del análisis de la composición microbiana de los alimentos, mediante técnicas estandarizadas que permiten la detección de diferentes agentes microbianos3. Esta disciplina asume el análisis de aspectos positivos que tienen los microorganismos sobre los alimentos, como la producción de alimentos gracias a microorganismos y también de aspectos negativos que tienen los microbios sobre los alimentos, como la descomposición de productos alimenticios y la causa de enfermedades hacía las personas que consumen alimentos contaminados con microorganismos.
Los microorganismos, como ya lo han fundamentado teóricos especialistas en la microbiología,se puede decir que se pueden encontrar en varios hábitats, ya sea en nuestro cuerpo, alimentos, el suelo, las plantas, el aire y en toda superficie a nuestro alrededor, es decir los alimentos no son totalmente estériles, debido a que los microorganismos son omnipresentes, aunque no sean visibles al ojo humano. Gran parte de las enfermedades que son transmitidas por alimentos contaminados con microorganismos, se deben a la inoculación de microorganismos ajenos a los microbios comunes de un alimento. Cuando los alimentos poseen microorganismos de manera natural, el conjunto de microorganismos dispuestos en el alimento, se le conoce como flora normal, la cual es proveniente del suelo, aire o agua, y cuando los alimentos contienen microorganismos que han sido incorporados por nosotros o por alguna superficie con la que han entrado en contacto (no usuales en los alimentos). La flora que posee un alimento se puede clasificar de acuerdo al tipo de microorganismo que contenga en: beneficiosos, como la flora microbiana del yogur; de deterioro como los lácteos descompuestos por bacterias; y patógenos como la flora patógena en los alimentos, ejemplo es la estafilocócica provocadora de toxiinfección alimentaria
